W związku z dużym zapotrzebowaniem na gromadzenie ściśle utajnionych akt, powołano do tego celu specjalne tajne kancelarie. Stanowią one dość specyficzną, oddzielną komórkę organizacyjną, której głównym zadaniem jest właściwa ochrona informacji poufnych i niejawnych. Sama ochrona to jednak nie wszystkie zadania stawiane przed tajnymi kancelariami. Ich pracownicy zajmują się ponadto rejestrem, przechowywaniem oraz wydawaniem tajnych dokumentacji uprawnionym do tego osobom i instytucjom.

Zagadnienie tajnych kancelarii jest dość szczegółowo omawiane na kursach archiwistycznych oraz specjalistycznych szkoleniach z ochrony informacji. Generalnie organizowanie działania takich instytucji realizowane jest w oparciu o określone klauzule tajności. Tajne dokumenty posiadające odrębne klauzule muszą być bowiem odpowiednio odseparowane od siebie. Ich obsługą mogą zajmować się jedynie osoby legitymujące się posiadaniem poświadczenia bezpieczeństwa właściwym dla najwyższej klauzuli dokumentacji zgromadzonej w danej tajnej kancelarii.

Nowoczesne, tajne kancelarie działają na zasadzie outsourcingu. Każda z takich instytucji posiada odpowiednie środki do przechowywania i przetwarzania utajnionych dokumentów, będących tajemnicą firmową lub państwową. Pracownicy takich kancelarii tworzą tzw. pion ochrony i posiadają pełny dostęp do wszystkich informacji zawartych w dokumentach. Przedstawicielami owego pionu w tajnych kancelariach są osoby na stanowiskach: pełnomocnika do spraw ochrony informacji niejawnych, kierownika kancelarii tajnej, administratora sieci informatycznej oraz głównego inspektora bezpieczeństwa teleinformatycznego.

Organizację i funkcjonowanie tajnych kancelarii w Polsce reguluje rozporządzeniem Rady Ministrów stosowna ustawa o ochronie informacji niejawnych z dnia 22 stycznia 1999 roku. Określa ona strukturę organizacyjną tych instytucji, podstawowe zadania należące do jej kierownika, zapisy na temat ochrony tajnych informacji z uwzględnieniem klauzul tajności, jak również „tryb obiegu informacji niejawnych”.